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Microscopie électronique

Microscopie électronique – Aspects conceptuels

Que peut-­on voir avec un microscope électronique à transmission ? - Pierre-Damien Coureux (Ecole Polytechnique, Palaiseau) - Présentation au format pdf

Ce cours présentera dans un premier temps la taille des objets biologiques que l'on peut étudier avec un microscope électronique à transmission (MET) qui est en partie déterminée par la longueur d'onde des électrons que l'on utilise. La vélocité de ces électrons, la composition d'un MET ainsi que les limitations techniques seront également abordées. Les champs d'application de cette technique qui en découlent seront comparés à ceux de la microscopie photonique conventionnelle ainsi qu'aux autres approches structurales. Enfin, les informations structurales que l'on peut obtenir avec un MET seront décrites en même temps que l'état de l'art (technologique ainsi qu'au niveau du traitement d'image) de cette discipline émergente.

Préparation des échantillons biologiques pour des études structurales en cryo-microscopie électronique - Olivier Lambert (CBMN, Bordeaux) - Présentation au format pdf

Différentes méthodes de préparation d’échantillons biologiques pour une observation avec un microscope électronique à transmission seront présentées. Pour les objets de tailles nanométriques, la coloration négative et la congélation rapide (préparation de films minces) sont les techniques les plus couramment utilisées. La préparation de films minces offre l’avantage de maintenir un état hydraté proche de celui en solution évitant ainsi les artéfacts résultant de l’emploi d’atomes lourds ou de la déshydratation. Cette méthode permet, plus particulièrement pour les protéines de déterminer leur structure à des résolutions sub-nanométriques. Pour les échantillons plus épais (taille micronique), il est nécessaire de réaliser des sections ultrafines à partir des échantillons rendus solides par inclusion en résine ou par congélation haute pression. A ces grandes méthodes de préparations, s’ajoutent des développements méthodologiques récents, qui visent à améliorer la qualité et la distribution des échantillons sur la grille de manière à optimiser à la fois la collecte de données au MET et les étapes ultérieures d’analyse d’images.

Traitement d'images 2D et 3D pour l'analyse des assemblages macromoléculaires - Bruno Klaholz (IGBMC, Illkirch) - Présentation au format pdf et un résumé

Une introduction sera donnée sur les méthodes de traitement d’image et reconstruction 3D en cryo microscopie électronique. Après l’acquisition d’images, le prétraitement comprends la sélection des particules, la correction de la fonction de transfert de contraste (CTF) et la normalisation des données. Seront ensuite abordés la détermination de structure (alignements, méthodes de classification, analyse statistique multivariée, attribution angulaire, angles Euler, lignes communes, reconstruction 3D, affinement) et interprétation (détermination de la main, estimation de la résolution, interprétation de cartes cryo-ME, construction de modèles atomiques). Seront abordés également les symétries internes qui peuvent être utilisées lors des reconstructions.

 

Microscopie électronique – Aspects pratiques

Electron microscopy Practical Tutorial using Imagic - Bruno Klaholz

 

Journal Club Cryo-EM

La présentation au format pdf les articles qui seront présentés et discutés: