Les fondamentaux
Initiation à Linux - Jean-Luc Ferrer (IBS, Grenoble)
Les commandes de base pour Ubuntu et les chemins d'accès aux programmes et aux données utilisés pendant l'école
Production de protéines en vue d’études structurales : Solubilité, stabilité et agrégation - Marc Ruff (IGBMC, Illkirch)
L’étude des relations structure – fonction des mécanismes moléculaires nécessite la production et purification des molécules impliqués en conservant leur intégrité structurale et fonctionnelle. La purification de protéines isolées de leur environnement intracellulaire pour des études structurales et fonctionnelles est entravée par des rendements très faibles, une forte hétérogénéité, instabilité et faible solubilité. Les différents paramètres physico-chimiques impliqués ainsi que des procédures et méthodologies pour leur stabilisation, solubilisation et caractérisation seront décrites dans ce cours.
Préparation et caractérisation de complexes multi-protéiques eucaryotes : Apports du système d’expression baculovirus et possibilités offertes par les techniques d’ingénierie du génome - Arnaud Poterszman (IGBMC, Strasbourg-Illkirch)
L’étude des relations structure – fonction des mécanismes moléculaires nécessite la production et purification des molécules impliqués en conservant leur intégrité structurale et fonctionnelle. La purification de protéines isolées de leur environnement intracellulaire pour des études structurales et fonctionnelles est entravée par des rendements très faibles, une forte hétérogénéité, instabilité et faible solubilité. Les différents paramètres physico-chimiques impliqués ainsi que des procédures et méthodologies pour leur stabilisation, solubilisation et caractérisation seront décrites dans ce cours.
Principes physiques à la base de l'information structurale - Jean-Luc Ferrer (IBS, Grenoble)
Nous présenterons le plus simplement possible les principes physiques qui nous permettent d'obtenir les informations structurales à l'échelle atomiques. En partant des limites de la microscopie optiques, nous montrerons comment nous pouvons "voir" les atomes et modéliser les macromolécules biologiques, grâce aux ondes électromagnétiques (photons X, ...), aux électrons ou aux neutrons et aux différentes techniques qui les utilisent (diffraction des rayon X ou des neutrons, microscopie électronique, SAXS, RMN, ...). Nous présenterons les interactions entre "rayonnement" et matière à la base de ces techniques et quelques concepts et outils (transformée de Fourier, ...) qui permettent d'obtenir les modèles macromoléculaires.
Principes physiques de la RMN structurale : de l’observable à la structure - Marc-André Delsuc (IGBMC, Illkirch)
Nous présenterons les différentes observables RMN (déplacements chimiques, couplages, ...) et nous verrons comment celles-ci renseignent sur la structure et la dynamique de molécules en solution. Des exemples concrets illustreront les différents concepts abordés.
Bioinformatique pour la Biologie Structurale: Quelles informations tirer de l’analyse d’une séquence ? - Marie-Hélène LeDu (I2BC, Saclay)
Nous présenterons les outils informatiques (serveurs, algorithmes) permettant d'analyser la séquence en acides aminés de protéines, en particulier lors des étapes initiales d'une étude structurale. Nous présenterons également des outils d'analyse de structure.