Approches complémentaires
Approches complémentaires
Des protéines insolubles aux complexes stables: Purification et caractérisation de complexes multi-protéiques participant au complexe de pré-intégration du VIH-1 - Marc Ruff (IGBMC, Illkirch)
La purification de protéines isolées participant à des grands complexes nucléoprotéiques pour des études structurales et fonctionnelles est entravée par des rendements très faibles, une forte hétérogénéité, instabilité et faible solubilité. Des procédures et méthodologies pour contourner ces difficultés, pour stabiliser ces protéines instables par l'assemblage de complexes in vitro ainsi que leur caractérisation seront décrites dans ce cours.
Analyse des interactions moléculaires. Illustrations sur plusieurs systèmes biologiques - Alain Roussel (AFMB, Marseille)
Les interactions entre des molécules (protéines, acides nucléiques, ligands, substrats …) peuvent être étudiées par de nombreuses techniques comme la titration calorimétrique isotherme, la résonnance plasmonique de surface, la thermophorèse, l’interférométrie des rayons réfléchis… Ces techniques seront présentées et des exemples d’utilisation seront donnés. Les critères permettant de faire des choix parmi les méthodes à utiliser seront discutés.
Méthodes d’imageries biologiques par microscopie à force atomique et optique - Frédéric Eghiaian (INSERM, Marseille)
Est-il possible d'observer la structure et les changements de conformation de biomolécules individuelles en direct dans des conditions physiologiques ? C'est la question majeure qui sera abordée au cours de cette présentation. Nous résumerons l’état de l'art en matière de microscopies dites 'super-résolution', et nous focaliserons sur l’émergence de la microscopie à force atomique (AFM) en tant que méthode d'imagerie et de manipulation de molécules individuelles. Basée sur l'interaction entre l’échantillon et une pointe extrêmement fine placée sur un levier flexible, l'AFM a récemment connu de nombreuses améliorations, qui offrent à son utilisateur la possibilité unique d'observer la dynamique structurale d’échantillons biologiques avec une résolution spatiale de l'ordre du nanomètre, et une résolution temporelle sous la seconde. Grace à l'AFM, il est aussi possible de mesurer la rigidité d’échantillons biologiques, mais aussi d'étudier l'interaction de complexes individuels et de déplier des protéines. Pour cette raison, l'AFM a largement participé à l'émergence récente du champs de la mécanotransduction en biologie. L'ensemble des méthodes présentées démontre qu'il est désormais possible d'obtenir des informations dynamiques à un niveau de détail étonnant sur des systèmes biologiques allant de molécules individuelles a la cellule entière.
Intégration des contraintes expérimentales pour la modélisation - Ewen Lescop (ICSN, Gif sur Yvette)
Dans ce cours, nous évoquerons les différentes contributions de la modélisation moléculaire à la biologie structurale intégrative. Utilisée initialement pour générer des modèles structuraux en accord avec les données expérimentales surdéterminées issues de la diffraction des rayons X ou de RMN, la modélisation devient maintenant cruciale pour la représentation de données sous-déterminées et partielles, telles qu'obtenue sur les protéines intrinsèquement dépliés ou les gros assemblages.